À l’instigation d’Alain Schnapp, la construction d’une histoire de l’archéologie a été au cœur des objectifs du domaine dès la création de l’Institut : la dernière phase du programme européen Archives of European Archaeology (AREA) a ainsi été coordonnée par l’INHA entre 2005 et 2008. Dans la continuité ont été développés des projets qui associent histoire de l’art de l’Antiquité et histoire de l’archéologie. Il s’agit de souligner la complémentarité fondamentale entre la discipline et l’étude de son histoire, entre l’histoire de l’art de ces civilisations et l’évaluation des formes de leur réception.
Certains programmes de recherche du domaine, conduits dans les années 2010, ont poursuivi l’étude et la mise en valeur de sources inédites, avec une attention particulière portée au développement d’outils numériques permettant l’exploitation des données d’archive et des données visuelles (Sources inédites pour l’histoire de l’antique, Digital Millin : l’Italie dessinée de l’Antiquité au Néoclassisme et Une histoire de l’art antique inachevée : les dessins de Jean-Baptiste Muret). Le programme Histoire de l’archéologie française en Afrique du Nord, rattaché au projet européen AREA, s’est quant à lui concentré sur le fonds Poinssot, acquis en 2006 par la bibliothèque de l’INHA.
L’étude de la réception, de la circulation des œuvres produites dans l’Antiquité et des modalités de leur collecte constitue l’orientation principale des deux projets de recherche du domaine : le Répertoire des ventes d’antiques en France au XIXe siècle et IMENTET. Itinéraires d’objets de musées et histoire de l’exploration de la nécropole thébaine (1800-1850).